Действие аниме «Империя мёртвых» переносит зрителей в альтернативную Европу XIX века, где технократия стала доминирующей общественной системой. Научный прогресс позволил довести до промышленного уровня технологию создания гомункулов — существ с мёртвыми человеческими телами и искусственно внедрённой душой, которые активно используются как дешёвая рабочая сила и пушечное мясо в военных конфликтах.
