Действие второй части франшизы разворачивается сразу после того, как саблезубый тигр Диего, мамонт Манфред, ленивец Сид и неутомимый грызун Скрэт вернули человеческого детеныша его семье и обосновались в своей долине. Мирная жизнь животных оказывается под угрозой, когда из-за глобального потепления начинают стремительно таять ледники: огромный паводок движется прямиком к их родным местам, и...
В основе сюжета лежит история обычной жительницы Бразилии Фрэнки Пейдж, которая раньше не задумывалась о вере в Бога и жила беззаботной жизнью, пока на её теле не начали появляться странные кровоточащие раны, идентичные тем, что были у Христа во время распятия. Эти явления, известные как стигматы, привлекают внимание Ватикана, который отправляет к девушке уполномоченного следователя отца...