Спецагент Никки приходит в себя на территории заброшенного промышленного объекта, не помня как сюда попала и что произошло до этого. Вскоре до неё доходит шокирующая новость: её маленькая дочь похищена неизвестными, а в её теле обнаружена рана от ножа, застрявшего под ребром — очевидно, нападение было заранее спланировано и подготовлено.
Джейсон Борн возвращается после долгого отсутствия, и его тихую жизнь снова рушат обстоятельства, связанные с секретной программой подготовки агентов ЦРУ, в которой он был главным объектом. Новые улики указывают, что его прошлое не так однозначно, как он считал, а за его головой снова начинают охоту опытные наемники и государственные структуры.