История начинается с того, что на обычной детской площадке у молодой пары бесследно исчезает годовалая дочь. Месяцы бесплодных поисков, обращений в полицию, самостоятельных проверок не приносят никаких результатов: девочка как будто растворилась в воздухе, оставив после себя только пустоту и невыносимое чувство вины у родителей.
Экранизация культовой манги и одноименного аниме, фильм переносит зрителей в недалекое будущее, где кибертехнологии проникли во все без исключения сферы человеческой жизни. Люди массово заменяют поврежденные или устаревшие части тела на современные кибернетические протезы, и грань между живым человеком и искусственно созданным существом становится все более размытой.