После победы над своим главным врагом Шредером братья-черепахи Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль разбрелись по разным делам, каждый выбрал собственный путь и перестал общаться с остальными. Их наставник Сплинтер не только переживает распад большой семьи, но и замечает в Нью-Йорке серию странных, необъяснимых событий, которые предвещают новую угрозу.
