После того как парк развлечений с динозаврами на острове Нублар окончательно закрылся, доисторические животные живут на территории острова в естественных условиях, не испытывая угрозы со стороны человека. Но внезапное пробуждение спящего вулкана ставит под вопрос само их существование — лава и пепел могут стереть все формы жизни на острове в считанные часы.
Два десятилетия после событий оригинальной «Парка Юрского периода» идея оживить доисторических ящеров перестает быть фантастикой. На острове Нублар открывается «Мир Юрского периода» — масштабный развлекательный комплекс, где гости могут наблюдать за динозаврами в естественной среде обитания, кататься на аттракционах с их участием и даже приручать молодых особей.
После событий первого фильма Джейсон Борн действительно пытался стереть память о своей прошлой жизни и жить тихо с девушкой Мари, поселившись в Индии. Он надеялся, что опасность осталась позади, но высшие чины ЦРУ, пытаясь замести следы собственных грязных операций, не собирались отпускать бывшего агента, который знает слишком много о внутренних механизмах работы агентства.