После событий первого фильма Джейсон Борн действительно пытался стереть память о своей прошлой жизни и жить тихо с девушкой Мари, поселившись в Индии. Он надеялся, что опасность осталась позади, но высшие чины ЦРУ, пытаясь замести следы собственных грязных операций, не собирались отпускать бывшего агента, который знает слишком много о внутренних механизмах работы агентства.
В 1928 году в пустыне Египта археологи находят загадочное каменное сооружение, покрытое иероглифами, которое не могут идентифицировать десятилетиями. Только в конце XX века дочь одного из первооткрывателей привлекает к изучению артефакта лингвиста Дэниела Джексона, который случайно расшифровывает координаты звездных врат — древнего транспорта, созданного расой, давно покинувшей Землю.