Действие новой части франшизы разворачивается в знакомом всем Бикини Боттом, где обычная жизнь Губка Боба Квадратные Штаны сталкивается с неожиданной загадкой. Однажды герой обнаруживает, что его фирменные квадратные штаны, которые так любят подмечать все обитатели подводного мира, исчезли без следа, и отправляется на их поиски вместе с лучшим другом Патриком Звездой.
