Фильм отправляет зрителей в предысторию двух самых известных вымышленных миров британской литературы, связывая судьбы Алисы из «Алисы в Стране чудес» и Питера Пэна в единую семейную сагу. До того как девочка упала в кроличью нору, а мальчик научился летать и перестал взрослеть, они были обычными детьми из большой семьи, которые проводили все время за играми и историями, которые придумывал их отец.
Действие фильма разворачивается в волшебном мире середины XX века, когда радикальные идеи могущественного темного волшебника Геллерта Грин-де-Вальда о превосходстве волшебников над немагическими людьми находят все больше сторонников. После побега из американской тюрьмы, где он был заключен после событий первой части франшизы, Грин-де-Вальд начинает активно вербовать последователей по всему...