Действие третьей части франшизы разворачивается несколько лет спустя после событий предыдущих фильмов. Главный герой Джесси, уже повзрослевший, живет с приемной семьей и работает на морской научной станции, где продолжает общаться с косаткой Вилли. Однажды на побережье появляется китобойное судно под командованием опытного капитана, который берет с собой в долгое плавание своего малолетнего...
Два года прошло с тех пор, как Джесси помог освободить косатку Вилли из неволи, и теперь парень вырос, а летние каникулы он с родителями проводит на том же побережье, где раньше жила его подопечная. Он надеется снова встретить друга, и его ожидания сбываются: Вилли живет в свободном океане, встреча с ним полна радости, старые друзья узнают друг друга сразу, не теряя связи за прошедшие годы.
История дружбы мальчика без дома и морского млекопитающего, попавшего в неволю, стала одной из самых узнаваемых семейных картин 90-х годов. Джесси живет на улицах портового города, добывает еду попрошайничеством и мелкими кражами, пока не попадает на общественные работы в аквапарк, где выступает косатка по имени Вилли.