Фильм переносит зрителя в конец XVI века, в эпоху, когда на территории Германии бушевали религиозные войны и эпидемия чумы, уничтожавшая целые населенные пункты. Главный герой — сирота Бальтазар Кобер, которого отдают на воспитание учителю, сведущему в тайных знаниях: кабалистике и алхимии. Под влиянием наставника юноша начинает развивать необычайно богатое воображение, которое в дальнейшем...
После несчастья, которое произошло с ним в один день, гениальный хирург Рафал Вильчур остался без жены, дочери, денег и документов, и был вынужден долго скитаться, не зная, где найти приют и как продолжить жить после невосполнимой утраты. В конце концов он находит убежище в семье мельника, где помогает спасти тяжелобольного сына хозяев, когда официальные медики уже отчаялись помочь.