1944 год, послевоенная Франкистская Испания: в горных лесах Наварры отряд повстанцев сражается с фашистскими войсками, а в лагерь капитана Видаля, жестокого офицера армии Франко, переезжает мечтательная десятилетняя Офелия вместе с беременной матерью. Отчим получает приказ очистить район от повстанцев любой ценой, его высокомерие и жестокость заставляют девочку искать утешение в волшебных сказках.
Действие картины разворачивается в Испании конца XVIII века, в разгар террора инквизиции, когда даже самые известные и уважаемые граждане не могли защитить себя от произвола властей и надуманных обвинений в ереси. Главный герой — знаменитый портретист Франсиско Гойя, чьи работы уже при жизни вызывали одновременно восхищение публики и гнев консервативных кругов церкви.
1976 год, Аргентина. В стране действует военная хунта, которая преследует всех, кто не согласен с её политикой: журналистов, активистов, простых людей, заподозренных в нелояльности. В числе задержанных оказывается Сесилия, жена Карлоса, режиссера местного детского театра, которая занималась расследованием коррупционных схем на государственном уровне.