Действие разворачивается в стенах вымышленной элитной католической школы святой Лилианы, основанной в 1902 году в районе Мусасино, где сохраняются старые традиции и строгая иерархия учеников. В учебном заведении работает уникальная «система сестёр»: старшекурсницы обязаны опекать первокурсниц, как родных сестёр, помогая им адаптироваться к школьной жизни, а те в свою очередь уважают и слушают...
Действие аниме переносит зрителя в Японию эпохи Сэнгоку, когда между самурайскими кланами идет постоянная борьба, а на отдаленных землях распространяются опасные эпидемии. Сюжет завязывается в провинции Ямасиро, куда после вспышки чумы бегут все местные жители, а соседний клан Мотидзукэ отправляет на разведку группу ниндзя из клана Кога.