Глубоко под поверхностью планеты в замкнутом мире подземных шахт живут потомки людей, которые никогда не видели солнечного света и не верят в его существование. Их жизнь подчинена строгому режиму: под надзором жестоких роботов-надсмотрщиков они добывают для своего повелителя Зайгона ценные рубидимитовые кристаллы, а взамен получают скудные пайки еды, едва хватающие для выживания.
После триумфа над Ханом и рождения экспериментальной планеты Генезис капитан Джеймс Т. Керк переживает тяжелую утрату: его лучший друг Спок погиб, спасая экипаж «Энтерпрайза», а второй близкий человек, доктор Мак-Кой, после контакта с энергией Генезис полностью теряет рассудок, нарушая все правила Федерации и ставя под угрозу свою жизнь.