Действие новой части франшизы разворачивается в знакомом всем Бикини Боттом, где обычная жизнь Губка Боба Квадратные Штаны сталкивается с неожиданной загадкой. Однажды герой обнаруживает, что его фирменные квадратные штаны, которые так любят подмечать все обитатели подводного мира, исчезли без следа, и отправляется на их поиски вместе с лучшим другом Патриком Звездой.
Пять лет назад трагедия во время экспедиции за торнадо в родной Оклахоме оборвала жизнь трёх человек, включая парня Кейт, и её амбициозный проект по обезвреживанию смерчей путём распыления специальной смеси прямо в эпицентре был похоронен вместе с погибшими. После этого девушка уехала в Нью-Йорк, получила обычную офисную работу и старалась не вспоминать о прошлом, пока Хави, единственный...