Действие новой части франшизы разворачивается в знакомом всем Бикини Боттом, где обычная жизнь Губка Боба Квадратные Штаны сталкивается с неожиданной загадкой. Однажды герой обнаруживает, что его фирменные квадратные штаны, которые так любят подмечать все обитатели подводного мира, исчезли без следа, и отправляется на их поиски вместе с лучшим другом Патриком Звездой.
После неудавшегося покушения киллер Эдди попадает в аварию и приходит в сознание в городской больнице, где за ним сразу же устанавливают круглосуточную охрану полицейских. Заключённый понимает, что у него нет шансов сбежать самостоятельно, а его младший брат Пол, не желая мириться с тем, что родного человека ждёт долгое тюремное заключение, решает действовать жёстко и самостоятельно.