Действие фильма разворачивается на пике трёхлетней Войны клонов, когда некогда стабильная Галактическая Республика превратилась в арену столкновения между армией клонов, подчиняющейся канцлеру Палпатину, и силами сепаратистов во главе с графом Дуку, который скрывает свою принадлежность к тайному ордену ситхов.
Второй эпизод культовой космической саги Джорджа Лукаса разворачивается через 10 лет после событий «Скрытой угрозы». Республика погружается в глубокий политический кризис: движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и крупнейшие корпорации, готовится выйти из состава центральной власти, что грозит распадом всей галактической системы.