Продолжение культовой фантастической истории, начавшейся в фильме 1987 года, переносит зрителей в Лос-Анджелес, где затишье после победы над инопланетным паразитом оказалось временным. Через несколько лет после предыдущих событий на город обрушивается новая угроза: так же как и первый монстр, новый захватчик прибывает из космоса, использует человеческие тела как оболочки и стремительно...
После триумфа над Ханом и рождения экспериментальной планеты Генезис капитан Джеймс Т. Керк переживает тяжелую утрату: его лучший друг Спок погиб, спасая экипаж «Энтерпрайза», а второй близкий человек, доктор Мак-Кой, после контакта с энергией Генезис полностью теряет рассудок, нарушая все правила Федерации и ставя под угрозу свою жизнь.