События фильма разворачиваются за 10 лет до начала глобальной катастрофы, когда во время планового ремонта орбитального спутника на астронавтов, находившихся в открытом космосе, напал странный рой частиц, вылетевший из лунного кратера. Один из членов экипажа погиб на месте, а выживший Брайан Харпер потратил несколько лет на попытки убедить представителей НАСА в том, что в случившемся виноват...
Заключительный фильм серии о молодых Людях Икс, снятый Саймоном Кинбергом по сценарию Джеба Стоуда, возвращает зрителей к истории команды мутантов под руководством Чарльза Ксавьера. Главная героиня — Джин Грей, обладающая мощными телекинетическими и телепатическими способностями, которые она с большим трудом сдерживает уже много лет.