Вторая часть перезапуска кинофраншизы о Черепашках-ниндзя, снятая режиссером Дэйвом Грином, продолжает историю четверки братьев-мутантов, живущих в канализации Нью-Йорка и защищающих город от угроз, исходящих от криминального мира и сверхъестественных злодеев. После разгрома Шреддера и его приспешников братья надеялись на короткий отдых, но опасность не заставила себя долго ждать.
Опытный авиадиспетчер Дилан Брикспт на своем счету имеет уже множество предотвращенных воздушных катастроф, поэтому он привык полагаться только на свои навыки и логику. Но в тот день, когда он в последний момент разводит маршруты двух пассажирских самолетов, которые должны были столкнуться в воздухе, его привычная жизнь переворачивается с ног на голову.