Действие разворачивается в Японии начала XVII века, в эпоху, когда страна только выходит из многовековой изоляции, а феодальные кланы ведут ожесточенную борьбу за влияние при дворе сёгуна. Английский штурман Джон Блэкторн, командир торгового судна, терпит крушение у берегов архипелага и попадает в совершенно незнакомый для европейцев мир, где чужаков ждет либо смерть, либо долгая жизнь в плену.
События аниме разворачиваются спустя 14 лет после того, как главный герой первой части, пёс Гин, победил кровожадного медведя Акакабуто и основал в горах Оу поселение Рай, где все обитатели живут в мире и сотрудничестве. Теперь на горизонте появляется новая угроза: жестокий пёс Хоген захватывает Рай и берёт в плен Гина, стремясь установить свою власть над всеми обитателями гор.
Школьник Аюми Аидзава приезжает на летние каникулы к отцу, с которым не виделся почти год после развода родителей. Городок, где живет отец, кажется Аюми совершенно скучным и неинтересным: почти нет сверстников, местные жители держатся обособленно, а заняться особо нечем, кроме как ездить на новом горном велосипеде по окрестностям.